Bioinformatics

제일 간단한 방법은 이거!!! $ sudo apt-get install okular 하고 터미널에서 okular 치면 실행 된다. 아니면 아래 방법 사용.. git clone git://anongit.kde.org/okular cd okular mkdir build cd build cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/path to your install dir/ make make install source build/prefix.sh; okular

우분투 해상도 조절 기능에 대해서 답을 찾았다!!! 듀얼 모니터를 쓰는데, 하나는 제대로 작동을 하는데, 한 모니터에대해서는 권장해상도로 설정하고자 해도 목록에 조차 뜨지 않아서 골칫거리였는데 해결방법을 찾았다. 블로그님 감사 https://blog.naver.com/mousee84/220301998016

사용 환경 : 우분투 16.04 $ sudo apt-get update$ sudo apt-get -y upgrade$ python3 -V$ sudo apt-get install -y python3-pip$ sudo apt-get install npm nodejs-legacy$ sudo npm install -g configurable-http-proxy$ sudo pip3 install jupyterhub$ sudo pip install --upgrade notebook 그리고 잘 설치 되었는지 확인하려면 콘솔에서 $ Jupyter notebook 입력 후 잘 실행 되는 지 본다.

키워드 제목만 적어놓음 나중에 공부한거 정리해서 채워넣을 예정

통계학에서 계속 들었던 말 Statistical Inference. 이 Statistical inference 를 쓰는 목적에 대해 잘 정리해놓은 글을 봐서 옮겨 옴. (1) 적은 데이터로 부터 얻은 결론보다 좀 더 general 한 결론을 얻기 위해서 (2) Actionable conclusion 을 얻기 위해서 (3) 새롭게 같은 데이터를 수집한다면 기대할수있는 Probabilistic conclusion 을 얻기 위해서.

공부하다가 귀찮지 않을때 정리 / 차차 업데이트 Iterators 1. Iterable vs. Iterators Iterables 는 에를들어 list, strings, dictionary, file connection 등으로 iter() 메소드와 연관이 있는 것들이나. Iter() 메소드는 Iterable 들이 Iterator 를 생성시키는데 적용한다. Iterator 는 next() 로 다음 value 를 생성한다. 예제) > example='dog' > it = iter(example) > next(it) >> 'd' > next(it) >> 'o' > next(it) >> 'g' > next(it) >> 출력안됨 2. * operator(star operator) 위의 예제를 > next(*it)..

Hackers statistics numpy 안에 random 안에 rand() 함수. > import numpy as np> np.random.rand() Random walk 이란 개념도 있음.path of the molecule, gambler's financial state 를 추측할 때도 쓰일수 있음 예를들어, 동전던지기 10번 같은 것은 랜덤워크가 아니다.왜냐면, 동전던지기는 Previous work 에 영향을 받는게 아니라 그냥 bunch of random work 이기 떄문이다.

공부하면서 기억하면 좋을 것들이 있을때, 귀찮지 않은 시간에 정리하는 공간 Python 파이썬 로직, 데이터필터링 관련 잡다한 팁 1. numpy 에서 논리적인 계산값을 2개이상 조건으로 골라낼때 np.logical_and(~~~,~~~) np.logical_or np.logical_not() 2. if, elif, else 의 general format >if if conditions: expression >elif if conditions: expression else : expression >else if conditions: expression elif conditions: expression else: expression 3. 이런 것들을 응용해서 pandas dataframe 에 적용시켜 데이..

공부하면서 기억하면 좋을것들을 귀찮지않을때 정리하는 공간 Python Dictionary&Pandas 1. 딕셔너리와 리스트의 차이점, 딕셔너리 장점 만약에 학생-시험점수 에 대한 자료를 만들고자 한다면, [리스트사용할때] 학생리스트 : 하이디, 피터, 클라라 시험점수 : 80, 50, 100 두 리스트를 만든다. 그리고 피터의 점수가 궁금하다면 list.label('peter') 로 피터의 인덱스값을 구한다음에 이를 다시 scorelist 에 넣어서 값을 봐야하는 번거로움이 있다. [딕셔너리 사용할때] 딕셔너리를 {하이디:80, 피터:50, 클라라:100} 으로 key-value 를 짝지어놓기때문에 리스트에서와 같은 불편함을 없앨수있다. 2. 딕셔너리 생성 및 출력 europe = { 'england'..

공부하면서 기억하면 좋을것들을 귀찮지 않을때 정리하는 공간 Matplotlib 패키지 1. import 할때 예시 & 간단한 그래프 모듈 - plot / scatter > import matplotlib.pyplot as plt> plt.plot(x,y) -------------- 선그래프 그려짐> plt.scatter(x,y) -------------- 산점도 그래프 그려짐 >plt.xscale('log') ------- x축 스케일을 로그로 바꿀때>plt.show() 2. 히스토그램 Histogram(막대그래프) > plt.hist(data, bins=5) ---- 막대그래프 x축을 5등분해서 히스토그램 그리기 > plt.show() ---- 그래프 보여주고> plt.clf() ---- clean u..

Python Method 는 이렇게 정의 할 수 있다. Methods are Functions that belongs to the object. 즉, 오브젝트(str, int, list 등..) 에 귀속된 함수이다. 예를들어서 다음과 같은 리스트 오브젝트를 정의해 보자. (따옴표생략) list=[a,s,d,f,g,h,j] 이때 문자 d의 인덱스를 알고싶을때 이런 함수를 쓸 수 있다. list.index[d] 즉, 인덱스함수를 list 에 적용한다는 뜻. 또 다른 예로 str 에 대한 것이다. brother = "jack" 이라는 오브젝트가 있다면 In: print(brother)Out: jack In: brother.capitalize()Out: Jack 이렇게 된다. 그렇다면 Object 가 뭘까? 잘..

공부하다가 유념해야할것들이나 기억하면 좋겠다 싶은 것들을 발견했을때귀찮지 않으면 정리하는 공간. 1. List slicing 리스트에서 특정 인덱스 값들만 얻어 올때 Start 와 End 포함 되는 영역이 다르다.예를들어 (귀찮아서 따옴표 생략) List = [a,b,c,d,e,f,g] 일때 각각의 인덱스는 0,1,2,3,4,5,6 이다. 여기서, List[2:4] 를 출력하면 c,d,e 가 출력될것 같지만 c,d 만 출력된다. List[Start:End] 라고 했을때, start 값은 inclusive 하고 end 값은 exclusive 함. 이거를 List[:5] 라고 했을때나, List[3:] 라고 했을때도 똑같이 적용되는 것이다. 2. 두 List 값 바꾸기 x=[1,2,3] --- 리스트 x 세..

Web server 요즘 리눅스 서버개념에 대해 공부하고 있다. 그 중 웹서버에 대해 정리하는 시간. 우리가 인터넷에 접속하려면 인터넷 브라우저를 사용하고, 그 종류에는 인터넷익스플로러, 크롬, 파이어폭스 등이 있다. 이와 비슷하게 웹 서버를 이용하려면 여러가지 웹 서버중에 골라서 사용한다. 웹서버 종류로는 Apache, Nginx 등이 있다. 그 중 시장점유율이 압도적으로 높은 것은 Apache 이고, 무료로 사용할 수 있다. 리눅스에서 아파치를 설치하려면 apt-get 명령어를 사용해서 설치하면 되고, 설치가 끝난 이후에는 서버 컴퓨터에서 /var/www/html 에서 파일을 찾아 서버에 띄워주게 된다. 파일이 없으면 디폴트 페이지가 나타나고, 있으면 index.html 을 우선적으로 띄워주게 된다...

Linux Centos 와 Ubuntu 사이에서 고민하다가 데비안 계열을 사용해보기로 했음 Ubuntu 설치하려고 하는데 Ubuntu 배포판에서도 종류가 너무 많아서.. 인기많은 민트를 설치할지 오리지널버전을 할지 하다가 추천받아서 MATE로 결정 윈도우 쓰다가 넘어온 사용자에게 좋다고 함(GUI환경세팅) 아래 홈페이지 들어가서 다운 받으면 된다 /https://ubuntu-mate.org/

Duplication and divergence 진화연구에 주로 사용 되는 개념. Asymmetric model 과 Symmetric model 있음. 먼저 Duplication 되어서 원래 객체와 연결된 이웃 노드들과 새로 발생한 객체간의 연결이 모두 이루어 졌다고 가정 그 다음 divergence possibilities 따라 계산해서 node 과 객체간의 link 가 유지될수도 있고, 사라질 수 도 있음. 주로 housekeeping proteins 같은 것들이 hub 역할을 하게 된다. --- 더 공부하면 더 추가해서 적어놓기

Python 의 Pickle 모듈이라는 게 있음. 대부부의 객체를 직렬화할수 있다고 하는데..(직렬화가 뭐지) 다양한 자료형들을(클래스, 튜플 등) 그대로 출력해준다. 단 입출력이 바이너리 파일 형태로 되어야 함!! 샘플로 리스트 출력 형태로 만들어봤는데 아직 더 다듬어야 할것 같다....

파이썬에서는 미리 지정해놓은 메소드 들이 있는데, (클래스 안에서 def 정의 할때, 이것을 메소드라고 함) 미리 지정해놓은 것들은 특별히 언더바 4개 사이에 끼워넣어서 표시한다. ex) __init__ __init__ 은 initialize 로 초기화 시키는 역할을 한다. 메소드는 첫번째 인자로 self 를 가져야 하는데 JAVA의 this 와 비슷한 역할을 하는 것이다. 삼각형 넓이 구하는 예제를 만들어 보았음 !!! #triangle area class area: def __init__(self, horizontal, vertical):

__init__ __len__ __getitem__ __setitem__ __getattr__ __setattr__ __add__ __sub__ __mul__ __div__ 등 여러가지 있음 . 수치알고리즘 가서 다시 사용해보기.

Bidirectional Best Hits Orthologue gene 판별하는 생물정보학 방법 중 하나임 종A의 유전자 a 와 orthologue 한 유전자를 종B에서 찾는다고 할때의 방법. 종B의 Complete genome이 필요하다. 그 결과값은 sequence alignment 로 정렬된다. Bidirectional best hits 를 판별하기 위해서는 다시, 종A의 complete genome 과 비교를 해야함 그 두 결과값이 일치할때 두 gene 은 bidirectional best hit 관계에 있음 . 서로 매우 유사성 높음. 그래서 이거를 orthologue 라고 볼 수 있는거임 protein sequence , nucleotide sequence 둘다에서 쓰일수 있는데, 이거는 어떠..

머신러닝과 Proteomics 단백질은 아미노산이 연결되어 접힘이 일어나 3차원구조를 가지게 되면서 여러가지 생체 기능을 하는 물질이다. 이 구조는 1차구조(아미노산 시퀀스), 2차구조(알파 헬릭스, 베타 시트), 3차 구조, 4차구조로 세분화 할 수 있다. 단백질의 2차구조 예측(Structure prediction)은 Sub 분야에서 주된 핵심이라고 할 수 있다.(결국 3차구조도 2차구조를 바탕으로 이루어 지기 때문) 그렇지만 단백질의 실질적인 구조를 밝히는 것은 돈도 많이 들고 시간도 엄청 걸리는 일! 그래서 아미노산 시퀀스로부터 직접적으로 Structure prediction 을 하는 방법들이 생겨나고 있는 것이다. 프로테오믹스에 머신러닝이 도입되기 전에는 하나하나 구조를 예측해야만 했지만, 오늘..